专利合同纠纷主要是指在专利申请权转让或者专利权转让合同、专利技术实施许可合同、专利技术中介服务合同中各方当事人就权利义务的履行和合同条款的解释等方面发生的争议。
专利合同纠纷主要包括：
（1）专利申请权转让合同纠纷
（2）专利权转让合同纠纷
（3）发明专利实施许可合同纠纷
（4）实用新型专利实施许可合同纠纷
（5）外观设计专利实施许可合同纠纷
（6）专利代理合同纠纷
（7）其他